六月 2004 - 文章

文献阅读——分析domain linker sequence的特征

Yokoyama的一篇文章,通过分析已知结构的多domain蛋白,发现linker sequence有一些特征,比如(Pro, Gly, Asp, Asn, Lys)这几个氨基酸出现的频率。这对于将一个大蛋白拆成多个domain进行结构分析的工作会有所帮助。

全文如下:

http://202.38.91.51/nttalk/upload/fyzw_2004614221829.pdf

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会后感想

参加ICCBM10th后, 有许多的感想,写在这里和大家分享:

1. 第一次参加这样的国际会议,感觉到英语一定要加强啊! 大多数的信息来自于PPT, 听则只能听个大概. 而且在这样一个难得的可以见到这么多大牛的机会, 倘若英语再好一些,则可以有进一步的交流,那收获会大得多的.

2. 中国的结构生物学和国外的差距太大了! RIKEN去年做了360个结构,今年要做600个!无论是技术设备上还是思想上. 在设备上,克隆/纯化/长晶体/观察晶体,国外全是用机器人做, 就说晶体观察吧: 90秒可以观察96孔, 而且可以随时记录图像及该孔的条件. 这是我们速度的多少倍?而且更关键的是,机器人做精度高、用量少(最小液滴可达50nl)、重复性好。也难怪我们做的东西常常被别人先做出来。那么我们怎么办?

3. 我觉得形象的说,我们是骑自行车赶路,老外是开汽车,我们怎么和他们比,怎么才能赢?我想,我们只有和他们比小道、比山路、比他们走不通或不愿走的路。那些宽阔的大道虽然对我们来说也很快,但一旦和他们的目标一致,他们就会比我们快。而对于那些难题,比如包含体啊、难以结晶啊、晶体很难优化啊,这些问题他们用通用的方法也没辙!这时候我们虽然也没什么优势但至少不那么处于劣势了。他们做大规模、做每个家族的代表结构,我们可以做细啊,做与功能密切相关的细节,这时也许可以找到他们忽略的目标,避免撞车。在实验和课题方面,我们得开阔思路,不能一味地按老路子走、老方法做,是不是可以尝试在方法学上多些创意?是不是可以多思考些其它的问题?就像这次会上的一个报告:当我们整天想着fold的时候是不是可以研究一下unfold的问题?

4。 看着人家一篇篇的Cell、Nature、Science,我什么时候才能发一篇呢?

 

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