九月 2004 - 文章

老婆出院了

经过一周的煎熬,终于在中秋这个好日子出院了,回头再好好写写这几天的感想,先在此谢谢关心老婆的亲戚、朋友还有我那些可爱的学生!
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看了李洪林陶版画展

本来要和夫人一起去的,可是夫人马上要做手术,趁今天正好到东区,顺便就去看了。

第一次看陶版画,挺有意思,既有中国山水画的韵味又有油画的质感,既有中国写意画的笔法又有现代抽象画的感觉。更有意思的是瓷瓶上的图案,那种版画风格的浮雕图案,很有味道,和山水图案相映成趣。

遗憾的是作品没有按照年代摆放,看不出作者的探索道路,另外展品在风格上稍嫌单调了一些,看他的画集中有几幅“生命”主题的画,可惜没有展出。

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把链接重新整理了一下

分类更细致了一些,删了几个死链接。可惜不会做收缩式的菜单,那样看起来会方便些。唉,身边有个高手就好了!
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知道了什么叫“小鸟”,什么叫“老鹰”

对高尔夫一直不是很了解,看星空体育时常常听到什么“小鸟球”“老鹰球”,今天查了一下资料,终于搞清楚了:

“帕”(PAR):击球入洞的杆数与标准杆数相同

“小鸟球”(BIRDIE):击球杆数低于标准杆数1杆

“老鹰球”(EAGLE):低于标准杆数2杆

“补给”(BOGEY):击球杆数比标准杆数多1杆

 

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这两天在美化BLOG页面

最近看了一些高手的BLOG才发现,原来这个BLOG的页面是可以自己设计的,而且可拓展的空间很大!先加了一个计数器,虽然现在加上去晚了点,以前的就没计算在内,可是要是自己先把初始值设高了也觉得在骗人,索性就不改啦!9月14日开始记录。

然后把相册的目录由文字换成了图片,这样显得好看些,给朋友看照片也好一下子看到,否则都淹没在一堆链接中了。

接着加上了一个挺漂亮的时钟,跟哥哥送给我的表挺像的。

下一步是学习彻底地改变左侧的目录结构,做成收缩式菜单。同时用HTML语句重新编辑一下文字。

感觉最近学到不少。

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生物大分子结构与功能课程笔记及课外资料(4)——结构域和三级结构 9月14日

一、结构域是蛋白质三级结构的基本结构单位和功能单位
       蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成,故结构域是能够独立折叠为稳定的三级结构的多肽链的一部分或全部。结构域也是功能单位,通常多结构域蛋白质中不同的结构域是与不同的功能相关联的。许多已知的例子表明,某个种属的多个独立的多肽链完成的几种生物学功能可以由另一个种属的一个蛋白质中的不同结构域来完成。例如,脂肪酸的合成需要七种不同的催化反应,在植物的叶绿体中,这些反应由七种不同的酶所催化,而在哺乳动物中,这些反应则由一条多肽链的七个结构域来完成。 

       结构域是由不同的二级结构和超二级结构组合形成的。在蛋白质中,这种组合的数目是有限的,一些结合方式似乎是蛋白质结构所偏爱的,并且相似的结构域结构在具有不同功能不同残基序列的蛋白质中经常重复出现。对已知的蛋白质所进行的拓扑分析表明了两个基本规律,其一是连续的残基区域通常在空间中是彼此靠近的,这就是所谓的残基空间区域相对分离现象,其M是如果抓住肽链的N端和C端将肽链拉成一条直线,将不会出现直线打结的现象。

二、蛋白质结构域和三级结构的分类 
       为了研究蛋白质分子结构的基本规律,人们用不同的方法从不同的角度对已知的蛋白质 结构进行分类,有些是基于生物功能,有些是基于结构自身,有些是将二者结合在一起进行分类研究。例如,锌金属蛋白酶是一类可催化肽链内部肽键水解的肽链内切酶,尽管所属的各个亚家族成员的整体空间结构差异显著,但催化活性部位的结构非常类似,故将它们归属于一类蛋白。 

       然而,最为人们熟悉的还是M.Levitt和C.Chothia对蛋白质结构进行的分类。此方法认为二级结构的组合构成了大多数结构域结构的核心,并据此把蛋白质结构分为四类:。α型、β型、α / β型以及其它类型的结构域结构。α型结构域结构主要由α-螺旋所构成,例如肌红蛋白的结构等。β型结构域结构主要由反平行的卜回折所构成,通常是两个卜回折相互包裹在一起,例如质体兰素的结构等。α / β型结构域结构则是由α-螺旋所包裹的以平行β-链为主的;β-α-β花样所构成的,例如丙糖磷酸异构酶、葡萄糖异构酶催化结构域的结构等。还有一些蛋白质是由不连续的α-和β-花样组合而成,并且通常在由α-螺旋包裹的结构域的一部分形成一个小的反平行β-回折,这些结构可以认为属于第四类,例如某些核酸酶的结构等。此外还有一些小的蛋白质,它们富含二硫键或金属离子,形成一个特殊的种类,这些蛋白质的结构似乎在很大程度上受金属离子或二硫桥的影响,所以看起来比常规的蛋白质显得无序。

三、α型结构域结构 
       α 型结构域结构主要由α-螺旋组成,这些α-螺旋由结构域表面的环区域相连接。在已知的蛋白质结构中,有两种最常见的螺旋排列方式:

其一是四螺旋束。RNA结合蛋白ROP是一个由特定的质粒编码的小RNA结合蛋白,参与质粒的复制。单体是一条由63个残基组成的多肽链,由两个反平行的α-螺旋和一个3个残基的环构成。ROP是以二聚体形式存在,四个α-螺旋构成四螺旋束、相互堆积形成一个疏水内核。与此相类似的结构还有细胞色素b562,非血卟啉含氧转移蛋白等。球状折叠中的α-螺旋的排列完全不同于四螺旋束中α-螺旋反平行排列。

  ROP

    myohemeyrthrin

   cytochrome c'

  更复杂一点的:ferritin

其二是球状折叠。在球状折叠中,例如肌红蛋白和血红蛋白,α-螺旋以不同的方向绕核缠绕,使得彼此在结构上互相靠近,但很难想象出它的形状。在四螺旋束结构中,α-螺旋间的堆积几乎是反平行的,螺旋轴间的夹角仅有20,而在球状折叠中,这些角要大得多,一般约在50左右。球状折叠的拓扑学结构是以Greek key helix bundle的形式,跟超二级结构中由β-sheet组成的希腊图案很相近。在几种主要类型的蛋白质结构中,α型结构域结构的数量最少。

四、 β型结构域结构 
       从功能角度看,具有β型结构域结构的蛋白质是较为分散的,包括了酶、输运蛋白、抗体和病毒外壳蛋白等。这个结构域的内核由四到十几个β-链所构成,这些β-链主要以反平行的方式排列,并形成两个交联在一起并互相堆积的β-回折。β-回折有正常的扭曲,当两个扭曲的β-回折堆积在一起时,它们形成一个桶状的结构。常见的有三种类型:上下β-回折型、希腊图案型和果冻卷饼桶型,与反平行β-链连接的方式有关。 

       如果每个连续的-链依次顺序首尾相连即第n条链与第n+1条链相连,直至封闭,并且最后一条β-链与第一条β-链以氢键相连,这是最简单的拓扑结构,称之为上下β-回折桶,其中β-链的排列是反平行的,链间都是发夹式连接。这种类型的结构在功能上也有着多样性,视黄醇结合蛋白和β-乳球蛋白都具有此类结构。 

       希腊图案花样提供了一个简单的反平行β-链的连接方式,这些反平行的β-键位于桶的两侧,但每条β-键并不是简单的顺序首尾相连。在已知的结构中所观察到的是第n条与第n+3条β-链相连接。桶结构中的另四条β-键构成另一个希腊图案花样。 

       在具有希腊图案花样的反平行β-桶结构中,在桶的两端由环区域横过,这就产生了称为果冻卷饼状桶的形状,多肽链绕桶核缠绕。这种花样存在于各种不同的结构中,包括球状病毒的外壳蛋白,植物外源凝集素和伴刀三球蛋白A等。

五、α / β型结构域结构 
       最普遍的结构是α / β型结构,它含有一个由α-螺旋包围着的平行或混合β-回折的核。所有的糖酵解酶都是α / β型结构,许多其他的酶以及结合运输蛋白也是这种结构。在α / β型结构中,由环区域形成结合裂缝,这些区域虽对结构的稳定无作用,但通常参与结合和催化活性。 


       α / β型结构可进一步分为两类,第一类是有一个由八个扭曲的平行的β链排列在一起组成的核,模样很像一个桶,连接这些平行β-链的α-螺旋均绕桶的外沿,称为TIM桶,因为第一个此类型的结构是在两糖磷酸异构酶中发现的。八股的α / β桶结构是所有结构域中最大和最规则的结构。形成这样的结构至少需要200个残基。目前为止已发现了至少15种具有完全不同氨基酸残基顺序和不同功能的蛋白质具有此种结构。在这些蛋白质结构中,约有160个氨基酸残基是等效的,这些残基形成八个β-链和八个α-螺旋,其余的残基形成连接β-链和α-螺旋的环区域,这些环区域在不同的蛋白质结构中具有不同的长度和构象。 

       第二类α / β型结构含有一个开放扭曲的β-回折片,α-螺旋位于β-回折片的两侧,较典型的例子是一些脱氢酶和激酶的辅酶结合区域。一个紧密的桶是不能形成这样结构的。具有此类型结构的蛋白质中,几乎所有的结合部位都位于β-回折的羧基端边缘的裂缝中。α-螺旋堆积在β-回折片的两侧,每一条β-链在两个相似的疏水内核区域都能提供与α-螺旋堆积的疏水侧链。

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生物大分子结构与功能课程笔记及课外资料(3)——蛋白质超二级结构(Motif)9月14日

三、蛋白质的超二级结构(motif 译作花样或模体)

      若干二级结构可以特殊的几何组合出现在蛋白质结构中,这些组合起来的结构单元称作超二级结构或花样。超二级结构可与某些特殊的生物功能相联系,也可仅作为结构的组装块。(block building)

l 、α-环-α花样 (helix-loop/turn-helix)
    α-环-α花样是含有两个α-螺旋,并以一个环区域相连接的具有特殊功能的超二级结构。在已知的蛋白质结构中观察到两种这样的花样,一种是DNA结合花样,另一种是钙结合花样又称EF手,每种都有自己的几何形状和所需的氨基酸残基序列。

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EF手出现在来自肌肉的蛋白Parvalbumin(最早在这一蛋白中发现),troponin以及calmodulin等结构中,它们通过结合钙来调节细胞功能的变化。EF手提供了一个维持钙配基的支架用于结合和释放钙,这是人们在蛋白质结构中首先认识的功能花样之一。

   关于EF hand 钙结合蛋白的数据库见http://structbio.vanderbilt.edu/cabp_database/cabp.html,这个数据库收集了目前发现的所有EF-Hand Calcium-Binding Proteins 的序列、结构、功能及其他相关信息及它们在信号转导中的作用,同时提供分析工具。

2 、发夹β花样(β-环-β花样)
    发夹β或β-环-β花样是两条反平行的β-链,通过一个环相连接构成的超二级结构,在蛋白质结构中频繁出现。Β-回折中相邻近的两条β链易形成这种发夹β花样。两条β链之间的环的长度不等,一般为2-5个残基。与α-环-α花样不同的是,发夹β花样无特殊的功能。

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3 、希腊图案花样 (Greek Key)
    四个邻近的反平行β-链通常被排列为类似于古希腊装饰图案,因此被称作希腊图案花样,常见于蛋白质结构中,但与特殊功能无直接关联。

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       这是真正的希腊图案的式样,当然啦,还有很多变体。

4 、β-α-β花样


    发夹花样通常用来连接两条反平行的β-链。如何连接两条平行的β-链?如果两条相邻块平行β-链的残基顺序是连续的,其连接部分必须处于β-回折的两端。多肽链必须依靠环区域转两次才能够使这两条链平行,依次为:β链-环1-α螺旋-环2-β链,这样的花样称为β-α-β花样。此花样在具有平行β-回折的每一种蛋白质结构中均存在。在这样的结构中,与β-链的羧基端和α-螺旋的氨基端相连的环1常含有功能性结合部位或活性部位,而另一个与β-链的氨基端和α-螺旋的竣基端相连的环2则尚未发现与活性部位有关。这种β-α-β花样可以认为是一个松散的螺旋圈,在已知的蛋白质结构中,基本上每一个β-α-β花样都是右手α-螺旋,因此被称作"右手"花样,对此尚无满意的解释。

另外,大家还可以练习一下用拓扑学表示方法来画结构,一个简单的例子 :

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生物大分子结构与功能课程笔记及课外资料(2)——蛋白质二级结构 9月9-14日

二级结构:

* 蛋白质在细胞中必须通过详细的三维结构识别成千上万种的不同分子,这就需要蛋白质分子具有结构多样性。蛋白质结构研究得出的第一个重要的基本规律是水溶性球状蛋白质分子折叠的重要驱动力,它是将疏水侧链置于分子内部,产生一个"疏水内核"和一个亲水表面。为了把侧链放到分子内部去,相应的高度极化亲水的主链也必须折叠到内部去,主链上的极性基团必须由疏水环境下的氢键所中和。这个问题通过在蛋白质分子内部形成规律的二级结构得到了妥善解决。这些二级结构通常是α-螺旋或β-折叠。此两种类型的二级结构的特征是主链的NH基团和C=O基团互相形成氢键,导致一些连续的残基具有相同的φ和ψ角。
肽基或肽单元是有极性的,也是一种具刚性的平面。
NCαCαC单键旋转的角度分别用φ和ψ描述。

    由于立体化学的限制,一个氨基酸残基的φ角和ψ角的任意组合是不允许的。以ψ角对φ角作图,称为Ramachandran图。侧链仅有一个氢原子的甘氨酸残基比其它氨基酸残基可拥有更大范围的构象角,从而允许在蛋白质中产生不寻常的主链构象,这就是为什么在同源蛋白质氨基酸残基序列中,甘氨酸残基往往是较为保守的原因之一。

http://www.cgl.ucsf.edu/home/glasfeld/tutorial/AAA/AAA.html

这两个角旋转的角度决定两个相邻肽基的空间位置。如果这两个旋转角分别相等,则多肽链主链是有规律的构象。在α螺旋和β折叠中,这两个旋转角都是分别相等的。因此,α螺旋和β折叠是有规律的构象。

1、α-螺旋
    α-螺旋是蛋白质分子的主要结构成分之一,是由一段连续的肽链片段形成的。标准α-螺旋为每圈3.6个残基,第n个残基的C=O和第n+4个残基的NH之间形成氢键。除最后一个C=O基团和第一个NH基团外,α-螺旋的其余所有NH和C=O基团均形成了氢键。α-螺旋的末端是极性的,并总是位于蛋白质中的长度变化很大,可以从4个残基到40个残基不等。在蛋白质结构中观察到的α-螺旋几乎都是右手螺旋。短的(3-5个残基)的左手螺旋偶尔也可以发生。

    α-螺旋中的氢键均指向相同的方向,所以肽单位沿螺旋轴处于相同的取向。由于肽单位有来自于不同的NH和C=O基团的极性偶极运动,因此这些偶极运动也是沿着螺旋轴的方向,其总体效应是一个巨大的净偶极。α-螺旋的氨基端可提供部分电荷,羧基端可提供部分电荷,这些电荷可以攻击其反电荷的配基。带负电荷的配基,尤其当它们含有磷酸基团时,通常结合在α-螺旋的氨基酸。这可能是由于附加的偶极效应,α-螺旋的氨基端有自由的NH基团和较为有利的几何位置,可以与磷酸基团形成特殊的氢键。这样的配基互相作用在蛋白质结构中是较为常见的,同时也是一个很好的仅与主链构象有关的通过主链专一性相互作用的例子。α-螺旋N端附近存在带负电的酸性残基(如D),C端附近存在带正电荷的碱性残基(如K、R),因为螺旋两端的相反电荷的相互作用,对α-螺旋的稳定起到重要的作用。在一些跨膜蛋白的螺旋两端也常有类似的情况。

   α-螺旋常常位于球形蛋白的外表面,因而相当数量的α-螺旋是一种两亲螺旋(Amphipathic α Helix):和螺旋轴相平行的两个侧面的残基常有一些规律性的分布,一侧亲水残基较集中,其中有较多的带电的残基;另一侧疏水残基较多。沿轴面看上去形成一个“螺旋轮(Helix Wheel)”,如图:

用GCG软件包中的Helical wheel 或EMBOSS软件包中的Pepwheel工具可以对一段肽链作“螺旋轮”图,从而识别疏水和亲水的区域。关于软件的用法以后再讨论吧。

Pepwheel:http://ngfnblast.gbf.de/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=pepwheel

α-螺旋是3.613螺旋,另外还有310螺旋、π螺旋。

2、β-折叠
    蛋白质的另一种主要结构成分是β-折叠,这种结构是由蛋白质分子中几段区域的称为β-链的多肽链形成的。在β-折叠中,β-链通常有5-10个残基的长度,肽链处于舒展的构象状态,这些β-链互相靠近并向前延伸,一条β-链的C=O基团和另一条β-链的NH基团形成氢键。几条这样的β-链形成的β-折叠,Ca原子处于β-折叠的上部和下部,侧链也交替地指向β-折叠的上部和下部。

    β-链可以两种方式形成β-折叠。一种是所有β-链均具有相同的方向,称为平行β-折叠;另一种是相互靠近的两条β-链具有相反的方向,称为反平行β-折叠。这两种β-折叠有β-链有着截然不同的氢键模式。反平行β-折叠的β-链间的氢键方向几乎垂直于β-链,平行β-折叠的平行β-链间的氢键方向则与平行β-链方向呈若干角度。在这两种平行β-折叠中,除了位于两侧的β-链外,所有肽链上的C=O基团和NH基团都形成了氢键。β-折叠也可以以混合的平行和反平行的形式存在。在已知蛋白质结构的β-折叠中,大约有20%的情况是一边为平行β-链而另一边为反平行β-链,几乎所有的β-折叠,不管是平行的或是混合的,均存在着链的扭曲,这种扭曲总是具有相同的手性,通常大部分为右手扭曲

平行的β-折叠,氢键与主链方向有一定夹角。

反平行的β-折叠,氢键与主链方向垂直。

实际的β-折叠是这样:

右旋扭曲的,而不是平的。

Astbury等人曾对β-角蛋白进行X线衍射分析,发现具有0.7nm的重复单位。如将毛发α-角蛋白在湿热条件下拉伸,可拉长到原长二倍,这种α-螺旋的X线衍射图可改变为与β-角蛋白类似的衍射图。说明β-角蛋白中的结构和α-螺旋拉长伸展后结构相同。拉长后链内不能形成氢键就变成了链间形成氢键。

3、  无规则卷曲(randon coil、loop)

        无规则卷曲或称卷曲(coil),泛指那些不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段。实际上这些区段大多数既不是卷曲,也不是完全无规的,虽然也存在少数柔性的无序片段。它们也像其他二级结构那样是明确而稳定的结构,否则蛋白质就不可能形成三维空间上每维都具周期性结构的晶体。它们受侧链相互作用的影响很大,经常构成酶活性部位和其他蛋白质特异的功能部位如许多钙结合蛋白中结合钙离子的EF手结构(E-F hand structure)的中央环。

       特点:链间不形成氢键,主要和溶剂中分子如水或金属离子等形成氢键,所以loop上的氨基酸残基多为亲水、带电荷的,这部分区域通常暴露在蛋白质表面,与蛋白的活性或功能相关,进化上常常不如蛋白质内核的氨基酸保守 。

 http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/

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在PDB上进行相似性比对

SearchFields 后,选择“FASTA search”,  然后点“New Form”,

贴入序列的时候不能带60、120、180等这样的非氨基酸符号的字符,所以:

先在蛋白过滤器中将这些字符去掉,然后再比对。 

 

更简单的方法:

在WU-BLAST中选择PDB数据进行比对

http://www.ebi.ac.uk/blast2/index.html

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巧记氨基酸单字母表示法

大学时背的是氨基酸的三字母表示法,相信多数人和我一样,因为生化书上多半是用三字母表示的。可是随着生物信息学的发展,看单字母的时候越来越多了,偏偏单字母和三字母的字头又不一致,常常搞混,于是我采用联想记忆法,效果不错,拿出来和大家分享一下:

我们只来记那些和三字母表示法不一致的这些:

苯丙氨酸: 笨——Fool……F

赖氨酸: 赖皮——砍(Kan)他……K

精氨酸:精子——人(Ren)……R

色氨酸:色狼——Wolf……W

酪氨酸:奶酪——黄色(Yellow)……Y

天冬氨酸:天——地(Di)……D

谷氨酸: 谷子里面有很多酶——Enzyme……E

天冬酰胺:Asn……N

谷氨酰胺:Gln,虽然也是n, 无奈总排在“天冬”的后面,只好整个不一样的Q

Asp/Asn: 两个A加一块=     B

Glu/Gln:   总是低人一头,排老末吧: Z

 

 

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生物大分子结构与功能课程笔记及课外资料(1)——蛋白质一级结构 9月9日

第一章 蛋白质的结构与层次

目前解析结构的主要方法:X-射线晶体衍射和NMR

        X-射线晶体衍射方法的主要发展历史见http://www.ustcers.com/blogs/shininglake/articles/184.aspx

    它的缺点是首先要拿到晶体,但是不是所有的生物大分子都能够获得晶体,有些大分子的复合物晶体获得比较困难,所以有些大分子达不到测定的要求;其次分子在晶体中往往是被锁定于某一状态,晶体培养的时间较长,所得到的晶体往往是分子处于基态,而分子功能的行使多发生在激发态,过渡态,X-射线晶体技术很难捕捉的分子的功能状态。

      NMR 的历史:1945年发现NMR现象,70-80年代 ,多维核磁共振波谱学的发明使得在水溶液中研究生物大分子成为可能,水溶液中的生物大分子更接近于生理状态。

核磁共振衍射技术同样具有高分辨率的特点,仅次于X-射线晶体学技术,另外可以在溶液中操作,接近生理状态

       它的缺点是所作样品的分子量要比较小,一般 50KD以下,而且分子量越大所测到的谱线就越多,有时各谱线很难分辨,所以有时波谱不容易分辨.当然随着超导磁铁的发展,有可能分子量向大分子挺进,但还是有一定限制。另外核磁共振衍射技术的反应体系是溶液,这对不溶的蛋白比较困难,如膜蛋白,很难溶解,需要用去垢剂才可溶解,这就使研究复杂化。在核磁共振衍射的观察中,去垢剂会造成很大的噪音和假相.

(关于NMR方法解析蛋白质结构的教程见:http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/projects/schirra/html/home.htm

一级结构:

        70年代, Anfinsen就提出了蛋白质一级结构决定其高级结构的著名学说, 认为蛋白质折叠是受热力学因素控制的. 天然蛋白质处于能量最低(即热力学最稳定)的状态. 一般来说, 天然蛋白质的结构是相对稳定的, 结构的稳定性也是其保持生物个体功能和物种的相对稳定所要求的. 这已有大量实验事实证明. 然而, 并不是所有蛋白质的天然活性状态一定是热力学上的最稳定态; 动力学因素对折叠途径和亚稳态的形成有一定程度的影响。(如“构象病”)

*  除甘氨酸外,所有其它氨基酸的α碳原子都是一个不对称的碳原子,即手性碳原子。除了Gly,蛋白质中的所有氨基酸都是L-型的。

* 通常根据侧链在生理条件下的极性将这20种氨基酸分为4类:

  (1)非极性(疏水):甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、脯氨酸、色氨酸(GBVLIFMPW);

  (2)极性(亲水),不带电荷,有:丝氨酸、苏氨酸、天冬酰胺、谷氨酚胺、酪氨酸、半胱氨酸(STNQYC);

  (3)极性(亲水),带负电荷,有:天冬氨酸、谷氨酸(DE);

  (4)极性(亲水),带正电荷,有:组氨酸、赖氨酸、精氨酸(HKR)。

氨基酸结构如下:

其3D结构可以在http://www.paccd.cc.ca.us/instadmn/physcidv/chem_dp/chemweb/amino/aminotab.htm看到(要先装CHIME插件)

*  Cys也很重要,两个Cys之间形成二硫键,使蛋白形成特定结构并更加稳定。王志珍提出:蛋白质二硫键异构酶(protein disulfide isomerasePDI) 在蛋白折叠过程中帮助折叠,既起酶的作用又起分子伴侣作用。

* 两个位于肽链不同部分的半胱氨酸(Cys),如果彼此在空间上互相靠近,则有可能被氧化形成二硫桥。这种反应需要一个氧化环境,二硫桥通常不能存在于胞内蛋白中,因为胞内蛋白主要处于还原状态。但二硫桥在胞外蛋白中则频繁出现,在真核生物中这种二硫桥的形成发生于内质网的腔中。二硫桥可稳定蛋白质的三维结构。在一些蛋白质中,这些二硫桥可把不同的肽链连接在一起形成稳定的三维结构,例如胰岛素的A链和B链即依靠两个二硫键相连接。更通常的情况是分子内的二硫桥稳定单个多肽链的折叠,使蛋白质分子不易被降解。对于许多蛋白质和酶,人们可以通过定向突变技术引入二硫键的方法,使这些蛋白质和酶更稳定,以利于工业化的应用,例如对一些医药、食品等工业所应用的催化酶进行改造,提高酶活力和热稳定性等。

疏水性氨基酸残基的侧链可贡献于形成蛋白质分子的疏水内核及某些蛋白质分子表面间的疏水相互作用。若带有相反电荷的侧链在空间上靠近处于合适的距离,往往较易形成盐桥,可稳定蛋白质的三维结构。带电荷的残基和极性残基对于蛋白质功能的发挥往往是必需的。

*  蛋白质一级结构的测定通常采用这样的程序,即纯净样品的末端分析、氨基酸组成分析、专一性酶或化学试剂进行部分水解、Edman降解法测定肽碎片的氨基酸残基的顺序以及片段重叠。末端分析常有丹磺酰氯法和二硝基氟苯法;肽链的部分水解一般是有胰蛋白酶法、胰凝乳蛋白酶法以及溴化氰法。

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本学期固定时间表

周一
上午(9:45-11:20)     生物大分子晶体学原理
下午(13:30-18:00)           带遗传实验

周二
上午(7:50-9:25)     3324 生物大分子的结构与功能

周三
上午(9:45-12:10)    1304 博英九班 读写
下午(16:10-17:45)  2803 博英五班 听力
晚上(7:00-21:25)    2521 博士政治课一班

周四
上午(9:45-11:20)    3324 生物大分子的结构与功能
下午(13:30-18:00)           带遗传实验

周五
上午(7:50-9:25)      生物大分子晶体学原理
下午(14:20-15:55)   1203 博英十班 口语

周六
下午(13:30-18:00)        带遗传实验

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第一次上博政课

居然是徐飞老师!看到他就乐了,因为之前听过他的一次演讲,坦率而幽默,非常地吸引人,而徐老师说的很多东西也给我很多的启发。真庆幸选了这个班!
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由探究教师节的由来想到的……

         过两天就是教师节了,作为教师,自己还真的不太清楚教师节的来历,于是在网上搜索了一把,可是结果真是出乎我的意料:仅仅20年的历史考证竟也难以说清,大家请看:
在百度搜索“教师节”的时候看到了“中国教育和科研计算机网”有相关专题,这可是中国教育部直接管理的官方网站,看看上面有什么信息:
一篇文章是《“教师节”最早倡议人--王梓坤教授》http://www.edu.cn/20030909/3090584.shtml

    “……那天是1984年12月9日,王梓坤校长一早起来,“突然”有了给教师设立节日的念头,他习惯性地在5点钟就来到办公室准备工作,想把这个想法告诉谁,但还没人上班。早上8点,他第二次来到办公室,就直接把电话打到自己认识的一位《北京晚报》的记者那里,并告诉对方这个想法,得到这位记者的赞同。第二天,《北京晚报》刊出了题为“王梓坤校长建议开展尊师重教月活动”的一条200多字的简讯,简讯中写到:“……我们建议在全国范围内开展尊师重教月的活动,该月的一日即定为全国教师节。王校长认为,尊师重教月可定在每年寒暑假前的二三月或八九月份。……”于是,这条短短的简讯就成为倡议设立教师节的最早文字记载。   

  大约一周后的12月15日,王梓坤校长为了进一步推动此倡议,召开了一个座谈会,邀请了北师大著名教授钟敬文、启功、陶大镛、朱贤智、黄济、赵擎寰等人参加讨论,这个倡议得到教授们的一致同意,并联名向社会提出。第二天,《北京日报》登出了关于这一倡议的简讯,但这条简讯编加了一个醒目的标题——“北师大校长王梓坤倡议每年九月为尊师重教月建议九月的一天为全国教师节”。这是设立教师节的倡议第二次出现在媒体上。   

  王梓坤教授在两次公开发出倡议后,认为已经做了一名教师、一个校长的最大努力,于是又埋头到繁杂的学校事务中。但是,相隔仅仅一个月的时间,在1985年1月21日,第六届全国人大常委会第九次会议通过了决议,将每年的9月10日定为“教师节”。   

  “我没想到这么快就宣布设立教师节,……第一个反应是非常非常高兴,并立即开始着手准备第一个教师节的庆祝工作。……学生们在庆祝大会上打出了‘教师万岁!’的横幅,让我感动万分……”

再看另一篇文章《方明先生谈教师节的由来》http://www.edu.cn/20020911/3067231.shtml


     “……谈起教师节的由来,方老说:“事情最早要从一份提案说起……”

  1981年3月,中国人民政治协商会议第五届全国委员会第四次会议上,中国民主促进会的17位政协委员联名提交了一份提案:

  案由:建议确定全国教师节日期及活动内容案。

  提案人:徐伯昕 吴贻芳 史念海 李霁野 张明养 叶至善 徐楚波 郑效洵 马力可 霍懋征 葛志成 方 明 巫宝三 张景宁 叶圣陶 雷洁琼 柯 灵(注:原件签名顺序)

  理由:教师担负着培养四化建设人才的重任,应当享有崇高的社会地位。胡耀邦同志在中国科协第二次全国代表大会上,正式提出了尊师问题,指出尊师,不仅是学生的问题,我们整个社会的成员,所有学生的家长,特别是我们各级政府的负责人都要尊师……现在儿童有儿童节,青年有青年节,我们认为培养他们成为社会主义宏伟事业接班人的人民教师也应该有教师节……

  该提案被全国政协编为第170号提案。

  政协审查的意见如下:建议国务院交教育部研究办理。

  ……

  方老接着告诉我们,其实,解放前也有教师节,是每年的6月6日。1951年,教育部和全国教育工会曾宣布“五一劳动节”同时为“教师节”,但执行的结果是教师节没有了。文化大革命中,教师被贬为“臭老九”,社会地位极其低下。

  ……
    于是,在1981年3月全国政协会议上,方明和民进的16位政协委员联名提交了这份提案。

  ……

  1981年12月,中共中央书记处习仲勋书记接见参加全国中小学工会思想政治工作会议的代表时,方明和教育部张承先副部长一起向习仲勋提出建立教师节的事,习仲勋问解放前有无教师节,方明告之6月6日是解放前的教师节,并介绍了1949年6月6日陈毅同志参加上海解放后庆祝教师节的情况。习仲勋听后建议教育部和全国教育工会联合起来写报告请示中央。

  1982年4月,教育部党组和全国教育工会分党组联合,由张承先和方明共同签发的“关于恢复‘教师节’的请示报告”送中央书记处,报告中并建议以马克思的诞辰日5月5日为教师节。

  1983年3月全国政协六届一次会议上,方明和民进18位政协委员联名再次提出“为提高教师的社会地位,造成尊师重教的社会风尚,建议恢复教师节案”。全国政协审查的意见如下:“建议由中共中央宣传部会同教育部研究办理。”同年9月,中宣部办公厅致函教育部办公厅,经研究政协一次会议方明等同志的提案,同意恢复教师节。1983年12月,由教育部何东昌部长和方明共同签发的教育部党组和全国教育工会分党组“关于恢复‘教师节’的请示”送中央宣传部。

  1984年10月,万里、习仲勋等中央领导对教育部党组和全国教育工会分党组的请示圈阅。1984年12月,教育部党组和全国教育工会分党组“关于建立‘教师节’的报告”送中央书记处并报国务院。报告中说,“根据中央领导同志的指示精神,我们进行了研究,建议确定每年9月10日为教师节,在新学年开始,新生一入学,即开展尊师活动。……如中央和国务院原则上同意建立‘教师节’,我们建议由国务院提请全国人民代表大会常务委员会批准颁布。”

  1985年1月,国务院总理在全国人大常委会上提出建立教师节的议案,全国人大常委会通过了这一议案,确定每年的9月10日为教师节,1985年9月10日为新中国的第一个教师节。

  从1981年到1985年,教师节的建立前前后后经历5个年头。方明激动地说,“要办成一件事还真不容易啊!……”

    这样看起来,如果第二篇文章内容属实,则第一篇文章的作者是没查好资料就乱说“最早”了。
 
    第二篇文章提到解放前的教师节是6月6日,看来中国教师节的历史应该更早,于是有另三篇文章《中国教师节的演变》http://www.edu.cn/20030909/3090583.shtml
    “"6.6"教师节
  1931年5月,教育家、南京中央大学教授爽秋、程其保等发起,拟定每年6月6日为教师节。   

  "8.27"教师节  

  1939年,国民党政府教育部决定以中国教育家孔子的诞辰8月27日为教师节。      

  "5.1"教师节   

  1951年,中华人民共和国教育部、中华全国总工会共同商定,将教师节与"五一"国际劳动节合并一起。     

  "9.10"教师节   

  1985年1月21日,六届全国人大第九次会议正式通过国务院关于建立教师节的议案,并决定9月10日为我国的教师节。”
  
     原来还有个8.27教师节,为什么第二篇文章里没有提到呢?而且看起来8.27更是官方的。是作者不认同?
   
    接着在该网站又看到另一篇文章《台湾各地庆祝教师节》

台北9月28日电(记者陈斌华)今天是孔子诞辰纪念日,也是台湾的教师节,台湾各地开展了形式多样的庆祝活动。……”


    咦,不是8.27吗,怎么变成9.28了?看来有个阴历阳历的问题,于是搜索一下“台湾 教师节”,发现台湾每年都是9.28,看来当局是按照阳历而定的。且不说当时的国民党政府是按阴历还是阳历过教师节,在这篇文章中把阴历和阳历的日期并列却不标注“阴历”就是很不严谨甚至错误的做法。
   
    在网上看到另一篇《谈孔子诞辰的推算》http://www.confucius2000.com/confucius/tkzdcdts.htm
提到“……晋明帝太宁三年诏四时祀孔子。据说以后历代加增,每年的祭孔活动大小有50多次。但以春秋两次大祭为主,尤以秋祭为重。将每年的大祭定在农历八月二十七日孔子诞辰日,据说是出自出自孔氏家谱,国民政府曾据此定夏历八月二十七日作为教师节,后来又邀请历法及考据专家把它换算为公历9月28日……”
    由此推测,当时的国名党政府可能先按阴历过教师节,随后又改为阳历9.28,当然这只是我的推测了,真实情况要查找当时的史料了。


        短短的一段历史,在不同的人笔下却如此不同,这还不是需要可以隐瞒或篡改的。不知道这些作者的责任心在哪里?写文章之前做不做考证?没有办法,当信息越来越多的时候,垃圾信息也越来越多,只有自己多看、多辨别。我也常常和学生说,看到网上的文章要多想想:可信不可信?作者的观点正确吗?背后会不会有什么不可告人的目的?从今天查资料的情况看至少说明了一点:官方网站、权威网站的资料也不可全信!


 

Posted 作者 shininglake with 1 comment(s)