十月 2004 - 文章

一个教人骂人的网站

在这里贴这个网站似乎不大好,这不是教人学坏嘛!可是,如果被别人当着面骂却听不懂,那该是多让人郁闷!http://www.insultmonger.com/ 这里搜集了大量这方面的素材,实在是学习俚语的好素材。更夸张的是,居然有160多种语言!

提醒:该网站可能会有一些自动下载的程序,我是开着防火墙访问的,否则可能会有问题。

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英语学习

“Ok, so its Halloween this weekend and I need an awesome way to scare the freakin pants off one of my friends. He is pretty easy to scare, but we need a new idea. Plus we are gonna video-tape it. If you have any good idea's please post. Thx”
the freakin pants off one 不知什么意思。 

另外看到论坛上before写作“b4”

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关于Google搜索

很意外的发现以blog chinese为关键词在Google上搜索时,我的blog竟然在中文网页中排在第三位!而以chinese blog为关键词则在前二十页中也看不到踪影。

第一个现象很奇怪,因为“chinese”这个词只在我的一个链接网站的url中出现,在页面上根本没有!难道Google把它当成“中文”的意思?

第二个现象说明我对Google的理解一直有偏差,一直以为如果搜索时不加引号则各个关键词的顺序影响不大,看来恰恰相反,影响极大!以后搜索时要注意。

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2004诺贝尔化学奖

瑞典皇家科学院6日宣布,将2004年诺贝尔化学奖授予以色列科学家阿龙·切哈诺沃、阿夫拉姆·赫什科和美国科学家欧文·罗斯,以表彰他们发现了泛素调节的蛋白质降解。

 

Medal

The Nobel Prize in Chemistry 2004

"for the discovery of ubiquitin-mediated protein degradation"

关于泛素-蛋白酶体途径的一篇综述(EMBO全文):http://embojournal.npgjournals.com/cgi/content/full/17/24/7151

一篇科普性的介绍:

“蛋白质是由氨基酸组成的,氨基酸如同砖头,而蛋白质则如结构复杂的建筑。正如同有各种各样的建筑一样,生物体内也存在着各种各样的蛋白质。不同的蛋白质有不同的结构,也有不同的功能。通常看来蛋白质的合成要比蛋白质的降解复杂得多,毕竟拆楼容易盖楼难。

    蛋白质的降解在生物体中普遍存在,比如人吃进食物,食物中的蛋白质在消化道中就被降解为氨基酸,随后被人体吸收。在这一过程中,一些简单的蛋白质降解酶如胰岛素发挥了重要作用。科学家对这一过程研究得较为透彻,因而在很长一段时间他们认为蛋白质降解没有什么可以深入研究的。不过,20世纪50年代的一些研究表明,事情恐怕没有这么简单。

    最初的一些研究发现,蛋白质的降解不需要能量,这如同一幢大楼自然倒塌一样,并不需要炸药来爆破。不过,20世纪50年代科学家却发现,同样的蛋白质在细胞外降解不需要能量,而在细胞内降解却需要能量。这成为困惑科学家很长时间的一个谜。70年代末80年代初,今年诺贝尔化学奖得主阿龙·切哈诺沃、阿夫拉姆·赫什科和欧文·罗斯进行了一系列研究,终于揭开了这一谜底。原来,生物体内存在着两类蛋白质降解过程,一种是不需要能量的,比如发生在消化道中的降解,这一过程只需要蛋白质降解酶参与;另一种则需要能量,它是一种高效率、指向性很强的降解过程。这如同拆楼一样,如果大楼自然倒塌,并不需要能量,但如果要定时、定点、定向地拆除一幢大楼,则需要炸药进行爆破。

    这三位科学家发现,一种被称为泛素的多肽在需要能量的蛋白质降解过程中扮演着重要角色。这种多肽由76个氨基酸组成,它最初是从小牛的胰脏中分离出来的。它就像标签一样,被贴上标签的蛋白质就会被运送到细胞内的“垃圾处理厂”,在那里被降解。

    这三位科学家进一步发现了这种蛋白质降解过程的机理。原来细胞中存在着E1、E2和E3三种酶,它们各有分工。E1负责激活泛素分子。泛素分子被激活后就被运送到E2上,E2负责把泛素分子绑在需要降解的蛋白质上。但E2并不认识指定的蛋白质,这就需要E3帮助。E3具有辨认指定蛋白质的功能。当E2携带着泛素分子在E3的指引下接近指定蛋白质时,E2就把泛素分子绑在指定蛋白质上。这一过程不断重复,指定蛋白质上就被绑了一批泛素分子。被绑的泛素分子达到一定数量后,指定蛋白质就被运送到细胞内的一种称为蛋白酶体的结构中。这种结构实际上是一种“垃圾处理厂”,它根据绑在指定蛋白质上的泛素分子这种标签决定接受并降解这种蛋白质。蛋白酶体是一个桶状结构,通常一个人体细胞中含有3万个蛋白酶体,经过它的处理,蛋白质就被切成由7至9个氨基酸组成的短链。这一过程如此复杂,自然需要消耗能量。

    后来很多科学家的大量研究证实,这种泛素调节的蛋白质降解过程在生物体中的作用非常重要。它如同一位重要的质量监督员,细胞中合成的蛋白质质量有高有低,通过它的严格把关,通常有30%新合成的蛋白质没有通过质检,而被销毁。但如果它把关不严,就会使一些不合格的蛋白质蒙混过关;如果把关过严,又会使合格的蛋白质供不应求。这都容易使生物体出现一系列问题。比如,一种称为“基因卫士”的P53蛋白质可以抑制细胞发生癌变,但如果对P53蛋白质的生产把关不严,就会导致人体抑制细胞癌变的能力下降,诱发癌症。事实上,在一半以上种类的人类癌细胞中,这种蛋白质都产生了变异。

    泛素调节的蛋白质降解在生物体中如此重要,因而对它的开创性研究也就具有了特殊意义。目前,在世界各地的很多实验室中,科学家不断发现和研究与这一降解过程相关的细胞新功能。这些研究对进一步揭示生物的奥秘,以及探索一些疾病的发生机理和治疗手段具有重要意义。”——节录自新华网。

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近几日事情特别多

从早忙到晚上,没有时间更新网页,请关心我的朋友见谅,过几日再来看吧。
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存储卡市场何时才能实现标准化?

秦始皇的时候就知道标准化的好处,全球化的时代标准化更加重要。可是标准化的产生总是需要一个过程。在最流行的数码产品领域,存储卡是一个急需实现标准化的东西,SM卡,CF卡、SD卡、XD卡、MMC卡、记忆棒……一个又一个,除了SD卡兼容了MMC,其他的都是彼此不认帐。只可怜了消费者,买了使用不同卡的设备只好再去买各式各样的卡。(我的MP3坏了,那张卡也就废了;相机是CF卡,可是买了手机又要用MMC)。厂家要是痛快点,随机配个大容量的卡也就罢了,偏偏都是什么16M,32M的,换下来就没什么用了。

不知道当初电池是如何实现标准化的,5#,7#,放哪都好用,多好!可惜,那已经是上一个时代了,现在的数码产品电池市场又是天下大乱各自为政了。什么时候才能实现标准化,究竟需要一个技术垄断还是经济垄断?如果有一种电池能够做到体积超小、马力强劲、充电快速,是不是可以垄断市场?如果有一种存储卡能够做到内置控制器、体积超小,存储容量大、传输速度快、不易损坏,是不是可以垄断市场?或者,需要一个像微软这样的大公司,完成市场垄断后,它的产品就在很大程度上成为标准化?因为微软的操作系统很显然是有很多弊病的,可是,没有办法,绝大多数的数码产品总是得想办法跟它兼容。这就是标准化。

等待着着那一天。

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开始完成计划

以前就准备把EBI的生物信息学教程完整的翻译一下的,开始是逐字逐句翻的,而且务必把每句话都理解透彻。这样地翻了核酸分析的一点点(在这个BLOG上也放了一点),可是发现进展太慢,有些东西搞得不是很清楚的不敢乱说,而有些名词知道意思了又不知道当前通用的译法是什么,于是要找很多的参考书,而参考书的译法也不一致,如此的进展缓慢也就因此而停顿下来。

这两天决定还是应该把生物信息学工具的用法系统地整理一下,而当前EBI的教程无疑是最好的,可以作为最基本的参考。这次改变策略:效率优先,抓大放小!先不追求细节,把大体的东西整出来以后在慢慢研究。而且先挑和自己的工作最密切相关的。

于是,今晚开始工作了……

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为什么橄榄枝代表和平?

今天忽然想到这个问题,于是从百度快照中找到了答案,原来是出自于诺亚方舟的故事,奇怪,以前读这个故事怎么没注意到?

原文:

为什么常以“方舟”象征避难所、以鸽子和橄榄枝象征和平?
 
“方舟”、“鸽子”、“橄榄枝”是《旧约》最著名的典故,出于《旧约·创世纪》所记载的希伯来民族的大洪水神话。

上帝看见整个世界都腐败了,地上充满着强暴,就对义人挪亚说:“凡有血气的人,他的尽头已经来到我面前,因为地上充满了他们的强暴,我要把他们和地一并毁灭。你要用歌斐木造一只方舟,……要长三百肘、宽五十肘、高三十肘。方舟上边要留透光处,高一肘。……方舟要分上、中、下三层。看哪,我要使洪水泛滥在地上,毁灭天下,凡地上有血肉、有气息的活物,无一不死。我却要与你立约、你同你的妻、与儿子、儿媳,都要进入方舟。……”

挪亚照耶和华的吩咐做完之后,二月十七日那一天,大渊的泉源都裂开了,天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上。世界上所有的生物,包括飞鸟、牲畜、野兽、爬行的动物,以及人类都死了,只剩下挪亚及同舟中的人和动物。

过了一百五十天,上帝叫风吹地,水势渐落。七月十七日,方舟终于停在亚拉脂山上。又过了四十天,挪亚放出一只乌鸦。乌鸦飞来飞去,直到地上的水都干了。他又放出一只鸽子去查看水势,可是遍地是水,鸽子找不到歇足的地方,只好飞回方舟。又过了七天,挪亚再把鸽子放出去。到了晚上,鸽子飞回来,嘴里衔着一片刚扯下来的橄榄叶,挪亚便知道水已经退了。他又等了七天把鸽子放出去,这次它不再回来了。等地上的水都干了,挪亚全家和方舟里的一切活物才都出了方舟。上帝与挪亚立约,以彩虹为上帝与人立约的记号,表明人类不会再遭洪水之劫。

根据这个故事,后人把方舟比作避难所。鸽子衔着橄榄枝报告洪水消退的消息也被用来象征和平与安宁。这个典故被后世西方作家广泛运用,成为众人皆知的吉祥的象征了。”

 

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有一点担心

这个Blog不会哪天突然关掉,然后数据全部丢失吧?以前用下载网站的工具做过一次备份,但不知如果Blog真的坏掉,能不能恢复?东西越来越多或者说付出的心血越来越多,突然变得担心起来。
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PCR实验手册

介绍了引物设计、PCR条件的摸索、PCR产物测序等。这是我和生物谷的Football20002一起编的,虽然是抄的多写的少,不过对于PCR实验入门还是有些帮助的。

http://202.38.91.51/nttalk/upload/fyzw_2004521235217.pdf

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关于生物信息学工具在解析蛋白质结构时的用法

这几天准备系统地整理一下,把它流程化,方便自己也方便初学者。
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发现两个好东西

精彩的分子生物学的flash(英语)http://www.bioinfo.org.cn/bioinfo_flash.htm 虽然讲的东西比较简单,练练英语很不错。

另外,http://cmbi.bjmu.edu.cn/www-learn/这是CMBI的网上学习专栏,以前没注意,发现好东西不少。

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一个查汉字读音的好地方

常常看到一个汉字却不会读,手头又没有新华字典,怎么办?今天看到一个网站,解决了这个问题:汉字字典:http://www.chinalanguage.com/CCDICT/index.html 真是一个好地方。这下没有不会读的字啦!
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论文佳句

In order to fulfill these diverse roles, the timing and location of Cdc42 activation must be tightly controlled.
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增加MMC卡的存储空间

在国外的论坛看到别人介绍的方法,在国内的论坛似乎没有看过,翻译了一下又跟着试了一下,发现原文在DOS命令上还有些小笔误,顺便改过来。

在MMC卡里你的文件是存储在一个个的block里的,刚买来的MMC卡通常一个block是16k,这样即使你的文件是1k也会占用16k,自然很占用空间。通常安装后的程序文件不到2K。

怎样减少空间浪费呢?跟着我用读卡器来做。

1. 连接读卡器,将MMC卡中的文件全部拷到电脑中(注意:要包括隐藏文件和系统文件)

2.在命令提示符下输入format命令,如“format k: /A:1024” (这里k是我的机子上MMC卡的盘符,/A后面是分配单元即block的大小,可以选择512、1024、2048、4096等, 256M的卡最小可选4096,128M的卡最小可选2048,64M的可选1024,32M的可选512)注意:用磁盘工具格式化的时候要选FAT格式。
(注意:用手机格式化MMC卡是不能改变分配单元大小的。)

3. 将备份的文件拷回MMC卡。

我的卡只有32M,这样试了一下似乎没有多大变化,而256M的卡据说可以多出30M!

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