六月 2005 - 文章

Blog升级了!

昨天忽然发现自己的blog不见了!那个急呀!万一从此看不到了,多少心血岂不白费?很久没有备份。

早上再上一次才发现,原来地址变了!(能不能改回来?或者请站长做个重新定向,否则以前的朋友都找不到我了,而且,在百度等上面的网页就都失效了,这很可惜啊!)而且样式也改了。多了一个站内搜索功能,这非常好用。可是照片都不见了,估计要重新上传了。

虽然很不习惯,但是升级总是好事啊!希望越来越好!

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2004年的JCR公布了!

2004年的Journal Citation Reports于2005年6月16日发布了。

可以在我的百宝箱中下载。

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"84"的来历

84消毒液为什么叫“84”呢?有网友问是不是品牌的名字?这一问我还真回答不了,赶紧搜索一把,这才知道,原来是“84”得名于这是84年研制出来的。见:《中华人民共和国最高人民法院民事判决书》(2002)民三终字第1号

“……北京市高级人民法院审理查明:1984年,地坛医院的前身北京第一传染病医院研制成功能迅速杀灭各类肝炎病毒的消毒液,经北京市卫生局组织专家鉴定,授予应用成果二等奖,定名为“84”肝炎洗消液,后更名为“84消毒液”。1985年3月,北京市人民政府授予地坛医院科技成果三等奖。1984年,地坛医院设立“北京第一传染病医院劳动服务公司”,生产销售“84”消毒液。1992年6月,地坛医院出资设立“北京龙安医学技术开发公司”(以下简称龙安公司),委托该公司生产销售“84”消毒液。双方约定,凡今后在“84”消毒液的生产、研制开发及经营销售中处理有关法律纠纷均以地坛医院的名义,由地坛医院出面解决。地坛医院还于1997年3月通过组建集团公司的形式,向全国三十多个生产厂家转让、许可使用其技术,生产、销售“84”消毒液。……”

然而,84应该看作这类产品的通用名称还是一种知名商品的商标竟是一段官司,有兴趣的可以看看这篇判决书的全文:http://www.dlcls.com/show.aspx?id=302&cid=10

 

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PDB中的大分子复合物

《Structure》今年3月的一篇综述,对PDB中的大分子复合物进行了统计分析。文章放在百宝箱里了,文件名:Large Macromolecular Complexes Review.pdf
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84真是好东西!

一不小心把深蓝色衣服和几件白衣服放在一起洗了,结果白衣服全成了浅蓝色,老婆伤心了半天。用84和洗衣粉泡了一会,哈哈,全白了!
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不同物种密码子偏爱性比较

下表转自EMBL,在选择表达系统的时候可以作为参考。(http://www.embl-hamburg.deFacilities部分很不错。)

关于E.coli的详细情况可以参考Novagen的Rosetta菌株的说明书(收藏在我的百宝箱中)

E. coli
yeast
Drosophila
primates
amino acid
AGG
AGG
    arginine
AGA
 
AGA
  arginine
AUA
 
AUA
  isoleucine
CUA
      leucine
CGA
CGA
CGA
CGA
arginine
CGG
CGG
CGG
CGG
arginine
CCC
      proline
UCG
   
UCG
serine
 
CGC
 
CGC
arginine
 
CCG
 
CCG
proline
 
CUC
    leucine
 
GCG
 
GCG
alanine
 
ACG
 
ACG
threonine
   
UUA
  leucine
   
GGG
  glycine
   
AGU
  serine
   
UGU
  cysteine
     
CGU
arginine

Reference: Zhang et al. (1991) Gene 105, 61-72

另外,下面一个数据也值得特别注意:

Organism
AGG

arginine

AGA

arginine

CGA

arginine

CUA

leucine

AUA

isoleucine

CCC

proline

Escherichia coli
1.4
2.1
3.1
3.2
4.1
4.3
Homo sapiens
11.0
11.3
6.1
6.5
6.9
20.3
Drosophila melanogaster
4.7
5.7
7.6
7.2
6.9
18.6

From: Strategies Newsletter (2000) Vol. 3 (1), p. 31.

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NIH的结构基因组计划5年回顾

这是2005年3月《Science》的一篇文章,yihuil兄上传到生物谷上的,非常不错!

我把感兴趣的内容翻译如下:NIH提出结构基因组计划的目标是2001-2010年,10年解10000个结构,目前5年过去,作为项目的一期(Protein Structure Initiative,PSI1),明年开始作为2期,称之为PSI2,要有所调整。由过去5年以发展技术为中心到后5年以提高产量为中心(这也是为了努力完成任务以有所交代吧——shininglake注)。因而,从过去的九个中心中选5家产量高的重点投资,每年$12million,然后再选个别小中心解决膜蛋白等难点问题。

过去的5年主要是实现实验技术的自动化。

从速度看,第1年获得77个结构,第4年350个,今年预计500个。

从成本看,第1年每个结构$670,000, 第4年$180,000, 预计今年为$100,000.传统的结构生物学解一个结构的成本约为$250,000-$300,000,尽管其中一些蛋白比较复杂。

从目标上看,PSI解决的蛋白质类型比传统结构生物学更广泛,解出的结构中有73%是unique的。至2004年,PDB的615个unique struture中,PSI占42%这是结构基因组计划的一大贡献——shininglake注

过去每个中心的经费是$8million / 年,现在5个中心各有$12million / 年,而明年经费一共是$64.5million,这样这5家就把钱都占了,完全用于“生产”结构,难以把经费用于发展技术。

而事实上,技术的难题始终没有解决:从目的基因到结构的成功率一直没有提高:只有57%的克隆基因可以成功表达,而其中只有28%可以纯化。最终的成功率在2%-10%之间。

从目前的情况看,2010年是不大可能完成10000个结构的目标了,估计最终的数字是4000-6000。

在该文边上的一篇小短文则指出,尽管选择目的蛋白时,它们彼此都不相同,但是事实上,new fold非常少,PSI解出的结构中,new fold只有12%

究竟应不应该支持结构基因组计划,争论始终不休,PSI2之后会不会有PSI3呢?

原文放在我的百宝箱的“专业的东东”目录:2005 Science Structural genomics.pdf

再次感谢yihuil提供好文,现在我这里看不到《Science》全文。

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关于HIV的最新文章

前一阵因为要写综述,收集了十几篇最新的文献,放在了http://shininglake3.ys168.com/的“HIV文章”目录下。
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