这是2005年3月《Science》的一篇文章,yihuil兄上传到生物谷上的,非常不错!
我把感兴趣的内容翻译如下:NIH提出结构基因组计划的目标是2001-2010年,10年解10000个结构,目前5年过去,作为项目的一期(Protein Structure Initiative,PSI1),明年开始作为2期,称之为PSI2,要有所调整。由过去5年以发展技术为中心到后5年以提高产量为中心(这也是为了努力完成任务以有所交代吧——shininglake注)。因而,从过去的九个中心中选5家产量高的重点投资,每年$12million,然后再选个别小中心解决膜蛋白等难点问题。
过去的5年主要是实现实验技术的自动化。
从速度看,第1年获得77个结构,第4年350个,今年预计500个。
从成本看,第1年每个结构$670,000, 第4年$180,000, 预计今年为$100,000.传统的结构生物学解一个结构的成本约为$250,000-$300,000,尽管其中一些蛋白比较复杂。
从目标上看,PSI解决的蛋白质类型比传统结构生物学更广泛,解出的结构中有73%是unique的。至2004年,PDB的615个unique struture中,PSI占42%(这是结构基因组计划的一大贡献——shininglake注)。
过去每个中心的经费是$8million / 年,现在5个中心各有$12million / 年,而明年经费一共是$64.5million,这样这5家就把钱都占了,完全用于“生产”结构,难以把经费用于发展技术。
而事实上,技术的难题始终没有解决:从目的基因到结构的成功率一直没有提高:只有57%的克隆基因可以成功表达,而其中只有28%可以纯化。最终的成功率在2%-10%之间。
从目前的情况看,2010年是不大可能完成10000个结构的目标了,估计最终的数字是4000-6000。
在该文边上的一篇小短文则指出,尽管选择目的蛋白时,它们彼此都不相同,但是事实上,new fold非常少,PSI解出的结构中,new fold只有12%。
究竟应不应该支持结构基因组计划,争论始终不休,PSI2之后会不会有PSI3呢?
原文放在我的百宝箱的“专业的东东”目录:2005 Science Structural genomics.pdf
再次感谢yihuil提供好文,现在我这里看不到《Science》全文。