shininglake的快乐生活

世界杯桌面更新

这下有了新桌面（另存一下就可看见大图）：

2005年SCI影响因子

这是这两天一个朋友给我发来的，放在我的“百宝箱”的“专业的东东”里了，同时把2004年的删除了。

注：看到有朋友留言说期刊不全，于是我又重新到网上找到一个完整的版本，重新上传了。

同时我到ISI的在线查询看了一下，发现一个奇怪的问题：在线的版本和EXCEL版都是有6088种期刊，绝大多数相同，少数却有不同，比如在线版本的第一个“AAPG BULLETIN”在EXCEL里就没有。但是同样的杂志在不同版本中影响因子是一样的，可见两个版本都是2005版。

密码子优化工具网站

http://www.evolvingcode.net/index.php

这也许是关于密码子优化问题的信息最丰富的网站。该网站有一个密码子优化的在线工具，用户可以自定义密码子频率表，然后上传自己的目的蛋白或DNA序列进行人工合成设计。同时该网站收集了关于密码子优化问题的各种资源，包括软件、文献、站点等，同时还开通了一个论坛专门讨论密码子优化和蛋白表达等问题（虽然现在都是站长贴的帖子）。关于该工具和网站的介绍发表在《Protein Expression and Purification 》上（The Synthetic Gene Designer: A flexible web platform to explore sequence manipulation for heterologous expression .Gang Wu, , Nabila Bashir-Bello and Stephen J. Freeland.Volume 47, Issue 2 , June 2006, Pages 441-445）全文收藏在我的“共享空间”里了。

搜集Google、百度等网站的logo的网站

今天看到google的logo是世界杯主题的，于是想和百度的比一下，可是发现百度的已经换回平时的式样了，于是在网上搜索了一下，找到了一个很好的搜集这些搜索引擎的logo的网站logocellect，非常棒。

相比之下google的logo设计之巧妙让人叹服，而Yahoo和baidu就显得逊色很多。

密码子偏爱与基因表达

之前一直以为只在表达异源蛋白的时候要考虑密码子偏爱性（codon bias)的问题，今天看《蛋白质组学导论》的时候才知道，原来在蛋白质组中各种基因的表达水平与密码子偏爱性（该书中称为“偏倚”）存在着某种关系：“含有不常使用的密码子的基因倾向于较低水平的表达。”

“根据酵母基因计算的密码子偏倚值约从0.2-1.0。”（shininglake注：查了一下原文，这里的“密码子偏倚值”的英文是CAI（codon adaptation index），关于其定义可见1987年NAR文章：The codon adaptation index - a measure of directional synonymous codon usage bias, and its potential applications。）

“具有低密码子偏倚值的基因倾向于低水平表达，无论根据mRNA 表达或蛋白质水平的分析都是如此。

当基因的密码子偏倚值为0.25或更低时（如大多数基因），mRNA水平与蛋白质水平的相关性很差。对大多数高表达的基因(密码子偏倚值>0.5的基因），mRNA水平与蛋白质水平的相关性要高很多。”

这后一点是以前没有注意到的。

参考文献见：Relationship of codon bias to mRNA concentration and protein length in Saccharomyces cerevisiae。Yeast 2000; 16: 1131－1145.

看世界杯，学足球英语

昨晚看了精彩的开幕战，忽然想起应该把有关足球的英语单词看看，在网上搜了一下，转载如下：

football, soccer, Association football 足球          field, pitch 足球场
midfied 中场              kick-off circle 中圈          half-way line 中线
football, eleven 足球队                                      football player 足球运动员
goalkeeper, goaltender, goalie 守门员               back 后卫
left 左后卫                                                        right back 右后卫
centre half back 中卫                                        half back 前卫
left half back 左前卫                                         right half back 右前卫
forward 前锋                                                    centre forward, centre 中锋
inside left forward, inside left 左内锋                 inside right forward, inside right 右内锋
outside left forward, outside left 左边锋             outside right forward, outside right 右边锋
kick-off 开球                                                     bicycle kick, overhead kick 倒钩球
chest-high ball 平胸球                                        corner ball, corner 角球
goal kick 球门球                                                ground ball, grounder 地面球
hand ball 手触球                                                header 头球
penalty kick 点球                                               spot kick 罚点球
free kick 罚任意球                                            throw-in 掷界外球
ball handling 控制球                                           block tackle 正面抢截
body check 身体阻挡                                        bullt 球门前混战
fair charge 合理冲撞                                          chesting 胸部挡球
close-marking defence 钉人防守                        close pass, short pass 短传
consecutive passes 连续传球                              deceptive movement 假动作
diving header 鱼跃顶球                                       flying headar 跳起顶球
dribbling 盘球                                                      finger-tip save （守门员）托救球
clean catching （守门员）跳球抓好                  flank pass 边线传球
high lobbing pass 高吊传球                                 scissor pass 交叉传球
volley pass 凌空传球                                          triangular pass 三角传球
rolling pass, ground pass 滚地传球                      slide tackle 铲球
clearance kick 解除危险的球                              to shoot 射门
grazing shot 贴地射门                                          close-range shot 近射
long drive 远射                                                     mishit 未射中
offside 越位                                                          to pass the ball 传球
to take a pass 接球                                               spot pass 球传到位
to trap 脚底停球                                                  to intercept 截球
to break through, to beat 带球过人                      to break loose 摆脱
to control the midfield 控制中场                           to disorganize the defence 破坏防守
to fall back 退回                                                   to set a wall 筑人墙
to set the pace 掌握进攻节奏                              to ward off an assault 击退一次攻势
to break up an attack 破坏一次攻势                    ball playing skill 控救技术
total football 全攻全守足球战术                         open football 拉开的足球战术
off-side trap 越位战术                                         wing play 边锋战术
shoot-on-sight tactics 积极的抢射战术                time wasting tactics 拖延战术
Brazilian formation 巴西阵式， 4-2-4 阵式        four backs system 四后卫制
four-three-three formation 4-3-3 阵式                   four-two-four formation 4-2-4 阵式
red card 红牌（表示判罚出场）                       yellow card 黄牌（表示警告）

一个不错的工具网站

一个不错的PPT素材网站

http://www.acolor.net/

虽然网站有些凌乱，夹杂着乱七八糟的广告，不过确实收集了不少不错的PPT素材，可以借鉴一下。

彩色梦？黑白梦？

一天丁老师问我：你做的梦是彩色的还是黑白的？

回想一下，似乎记住的都是情节，可是对于色彩却完全没有印象。

原来这是研究视觉的周老师研究的课题之一，他通过调查认为小时候的经历对做梦影响很大，如果最早看的电影电视是黑白的，则以后多半做黑白梦，如果从小就看到彩色电影电视，则就会做彩色梦。（没有看到原文，这是听丁老师转述的）

当时觉得疑惑：电影电视对人的影响有那么大吗？即使最早看到的是黑白电视，但是日常生活中看到彩色世界的时间更长啊？而且梦境常常反映自己平时生活，为什么黑白和彩色仅仅决定于小时候的映象呢？不过自己最早看到的是爸爸自己装的黑白电视机，而自己做梦似乎也是黑白的。

结果当天晚上就做了一个梦，早上起来情节记不清了，但是映象深刻的是：所有的人和环境都是黑白的，可是人手上拿着一束橘红色的花！

呵呵，真是奇怪？难道是因为我日有所思，所以特意做出了这种说黑白不是黑白，说彩色不是彩色的梦？

刚刚在百度上简单搜索了一下，看到一篇相关文章，转载一下：

德国热线-萍聚社区 » 第三只眼 » 你的梦是彩色的还是黑白的？

梦的颜色

         你做的梦是黑白还是彩色？在去年冬天的一个晚上，来自港大的赵博士突然问到这个问题。梦当然是彩色的了——这么多年来我就是这样认为的，我认为每个人都做着彩色的梦——但是大家却不约而同回答他们的梦是黑白的。相关的研究指出，只有20%的人声称做的梦是彩色的，但这些研究也称其实80%的人做梦都是有色彩的，之所以只有少数人记得梦是彩色的，是因为大多数人不能记住梦的色彩。迄今，我们还不知道梦为什么有颜色，但是一些研究已经试图去揭示答案——当然，只是远未成功的答案。
　　我们在梦中看到的景象是彩色的还是黑白的？德国睡眠专家米歇尔·施莱德得出结论，绝大多数人的梦是彩色的。
施莱德认为，人们不能确定梦的颜色是因为人们首先注意了梦的情节，而忽视了梦的色彩。当色彩成为梦中情节的重要部分时，人们就会回忆出梦的颜色。施莱德还举例说明了他的观点，那些整天和颜色打交道的艺术系学生们大多对他们的梦有着更强烈的色彩意识。
　　相反，美国科学家史维茨格勃尔（Schwitzgebel）上世纪也做了同样的关于梦的色彩的研究报告。他认为，因为在50年代黑白电影广泛流行，所以大多数看电影的人梦中看见的也是黑白颜色。对此，施莱德并未表示同意。施莱德认为，这位美国同行的错误来自调查时的方法性错误。他说：“虽然人们看黑白电视，但是他们一天当中的大多数还是在彩色世界中生活的。”
        研究人员目前还不清楚，是否婴儿也会做梦。施莱德指出，婴儿在一种叫REM的睡眠过程中所做的梦最为强烈，这一点可以从他们做梦时的面部表情中看到。
研究人员认为梦境的颜色与媒体有关，从前人们看黑白电视，所以大多做黑白梦；因此老电影的影迷请注意啰，看太多黑白电影会让你的梦“失色”。
       美国哲学教授Eric Schwitzgebel最近在Studies in History and Philosophy of Science期刊上发表文章指出：梦的颜色会受媒体影响，自1950年代开始的调查显示，当时绝大部分的受访者表示，从未或几乎很少做过彩色的梦，值得注意的是，50年代正是黑白电视的黄金时代，可是在那个时期之前或之后的调查记录显示，人们有彩色缤纷的梦境。
       Schwitzgebel认为在艾森豪威尔总统时期（～1969），美国人的作梦方式应该不会与其它时期相异，彼时的人们较可能相信自己做的都是黑白色的梦，因为映现了其日常生活周遭的人造梦境─电视，在二十世纪之前，人们的梦常以油画等来比喻。他还表示，媒体现今对我们梦境的影响与50年代没什么差别，看到的会影响梦到的，很少人们提及在梦中的触觉，所以人们往往拧自己一把，以确定不是在作梦。
        Schwitzgebel指出：“假设梦的产生机制由来都一致，那么现在的人们系以不同的方式去感知梦境，……我们并不如自己想象般的了解自身的体验，不但对梦的感受如此，也包括听觉与视觉的体验”
其它的研究人员认为梦境颜色的不确定，正如同小说家能在毋庸叙明颜色状态下，生动的描述故事，而浮现在读者脑中的场景颜色，端视读者如何去构筑。英国心理学家Mark Blagrove则认为：“当人们自称做了黑白色的梦时，可能表示他们没注意到任何颜色。”

原始论文：Schwitzgebel, E. "Why did we think we dreamed in black and white? ", Studies in History and Philosophy of Science part A, 33, 649 - 660, (2002).

生物通上的一篇文章！

今天看到生物通上的一篇文章，发现短短的一篇文章错漏百出，不竟要批一下，提醒大家在看中文报道的时候一定要十二分的小心！

文章是今天生物通网站首页的头条新闻：中美等科学家顶级杂志文章：细胞活性蛋白图谱，

文章开篇就说：“人类基因组已经测序完成四年多了，现在科学家们关注的是弄清楚各个基因和它们的产物——蛋白质的功能。多亏了Max Planck生化研究院的研究者们，该过程的主要步骤已经完成。”

还有这样的文章？且不说人类基因组测序工作是《Nature》杂志这个月才宣布完成的而不是“完成四年多了”，研究蛋白质功能的工作的有可能“主要步骤已经完成”吗？

“该研究院的研究者们与来自丹麦、加拿大、中国和美国的同事们一起合作，展现了怎么利用尖端的方法将细胞某个时刻的全部活性蛋白编成目录。他们的工作阐明了细胞是怎样利用蛋白的。他们的研究发表在《Cell》杂志上 (Cell 125, 1-13)。”

还好，这次提供了文献出处，可以去找原文。可是真正去查《Cell》的时候才发现，125卷即2005年的1－13页并没有这篇文章！用Max Planck做关键词，然后在结果中一条条找，才终于找到这篇文章：Leonard J. Foster, Carmen L. de Hoog, Yanling Zhang, Yong Zhang, Xiaohui Xie, Vamsi K. Mootha, and Matthias Mann，A Mammalian Organelle Map by Protein Correlation Profiling.Cell 2006 125: 187-199.

等我打开PDF全文发现，原来因为文章有13页，所以Acrobat浏览器会在第一页显示“1－13”，翻译居然就此将文章标为：Cell 125, 1-13！

再看原文摘要，原来文章是对鼠肝中的1404个蛋白进行了亚细胞定位，从而给出了一个蛋白质在细胞器中的分布图。如此而已，怎么就能阐明了细胞是怎样利用蛋白的呢？

不知道是不是因为有中国学者的工作所以要狠吹一下，可是看看文章的署名后发现更奇怪的问题：

原文的署名是这样的：