十一月 2006 - 文章

》》》

现在网络不安全,应老婆大人要求,将相册里所有她的照片都删除了。

Posted 作者 shininglake with 11 comment(s)

关于基因合成

一直想介绍一下相关文献的,虽然之前已经放了一两篇在我的“个人文件”里,不过一直没写,正好前两天一位同学来问我这个问题,交流之后又从他那里拿来一篇文献,这样四五篇文献加起来对这个技术算是掌握了大概了。

所谓基因合成就是不用模板,而是以一系列相互overlaping的引物进行“组装”,最后得到完整的目的基因。这适用于克隆一些找不到模板的基因或着在克隆过程中进行稀有密码子的替换、氨基酸的突变等等。所以这项技术虽然比直接从模板上克隆要贵一些,却有着无可替代的好处,将来一定会得到广泛应用。

目前的基因合成技术基本上是基于PCR技术的,较常见的是两步法、一步法和改进的两步法。这里主要推荐两篇文章,一篇是一步法,另一篇是改进的两步法。文献都放在我的个人文件的“分子生物学文献”中了,另外,在http://www.evolvingcode.net/codon/sgd/index.php有第一篇文章的作者设计的在线设计基因合成引物的软件,可以参考,虽然本人更倾向于采用后一种方法,并且觉得在软件设计上也许还有可以改进的地方,但是大家不妨去看看。

两步法要点:每条引物50nt,重叠区10nt。(或3'端重叠10nt,5'端重叠15nt。)。第一轮PCR时不是把所有引物混合,而是分段混合PCR,这样形成重叠区更长的几个大片段,然后在第二轮将纯化的大片段混合后以最两端的引物PCR,得到完整基因。值得注意的是:“两步法”文献中提到使用T7核酸内切酶I来切断配对错误的片段,从而降低出错率。这是一个很好的办法并且在其他方面应该可以有更多的应用。

Posted 作者 shininglake with 27 comment(s)

三万年前的基因组

最近的一期《Nature》封面报道了一项令人激动的进展:

穴居人基因组可望两年内完成初步测序
(Analysis of one million base pairs of Neanderthal DNA)
穴居人(尼安德特人)的特征是在距今大约40万年前的时候出现在欧洲和西亚的人类化石记录中的,消失时间是在距今大约3万年前左右。穴居人是我们已灭绝的关系最近的近亲,所以随着DNA技术的进步,识别现代人特有的基因变化的目标离我们更近了。现在,研究人员识别出一块距今3.8万年的穴居人骨头,其保存质量很高,足以能从中提取出100万个以上的碱基对。该骨头最初是1980年在克罗地亚的Vindija洞穴中发现的(其照片刊登在本期封面上)。通过将它的DNA组成与黑猩猩和人的基因组进行对比,研究人员发现,穴居人和人类祖先(像人但不像猿)具有一个小而有效的种群规模。这项研究工作中所采用的技术使得科学家有可能在两年内完成对穴居人基因组的初步测序。

在Nature网站可以看到关于这个新闻的专题报道:
http://www.nature.com/nature/focus/neanderthaldna/index.html
提供了文献、视频和音频资料。

对古生物基因组进行测序是很困难的工作,因为DNA通常被降解的很严重,同时存在严重的污染(现代人的DNA)。两个研究小组通过采集比较大量的化石资源并且采用了两种不同的测序技术,一种是将大量DNA片段测序后与现代人基因组做比对后进行定位,另一种是以现代人基因组片段为探针,钓出穴居人的DNA片段。
不管怎么说,希望这项工作能最终提供一份准确而基本完整的穴居人基因组序列,看看3万年来人类究竟进化了多少,这无疑是很有趣的。

Posted 作者 shininglake with 7 comment(s)

再推荐篇文章给大家看看

《科学之游戏规则》

这是《生命世界》杂志的一个专栏的连载文章,写得不错,确实给人很多启发。

比如下面这段“……我时常感觉到的国内学术界的一种浮躁。这种浮躁表现在两方面:从做老板(教授和博导等)这个层次上看,大家似乎都很忙,忙着应付些申请书、忙着应付饭局、忙着应付上级领导。他们在向往着院士的头衔,追求着某日某月的大奖,丈量着中国和诺贝尔奖的距离。其结果表现为很多老板没有时间进实验室、没有时间思考、没有时间坐下来同学生讨论工作,甚至没有时间读懂别人的文章。从做弟子角度出发,就是挖空心思发SCI文章,应付毕业好出国。大多数学生并没有弄明白研究是怎么回事,只是片面地或难或易地拷贝着别人的工作。……”描述地很精准。

文章可以从《生命世界》网站下载,我都下载了,可是担心版权问题就不上传了,有兴趣的自己去看吧,花点时间看看还是值得的。

网址:http://www.lifeworld.com.cn/magindex.jsp 2005年8月-2006年4月每一期的“专栏”栏目。

感谢雷达朋友提供另一个方便的全文下载地址:http://cstm.ibcas.ac.cn/list.asp?ColumnCode=002

Posted 作者 shininglake with 15 comment(s)
标签: