在COOT中使用快捷键删除一个残基

def key_binding_func_8():
    active_atom = active_residue()
    if (not active_atom):
        print "No active atom"
    else:
        imol      = active_atom[0]
        chain_id  = active_atom[1]
        res_no    = active_atom[2]
        ins_code  = active_atom[3]
        atom_name = active_atom[4]
        alt_conf  = active_atom[5]
        delete_residue(imol,chain_id,res_no,ins_code)
add_key_binding("Delete Residue", "Y", lambda: key_binding_func_8())

将以上代码插入到“.coot.py”文件

最近开始每天上沪江英语学习了

沪江英语部落

发现那个每日一句、每日一测、VOA听写等节目都很不错，真的感觉是寓教于乐了，还有那个21天也很有特色。最痛苦的还是听写，一个地方死活听不出来的时候真是郁闷啊！另外，看到些英语、日语、韩语什么都会的牛人，真是崇拜啊！

从PDB文件中提取序列的小工具

http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/soupir.html

显示蛋白的表面电荷分布情况

许多分子图像软件可以根据氨基酸的带电性质标记不同的颜色，但是，这样太简单了，并不代表真实的电场情况，如果要更精确的计算，需要用以下的软件：

1：GRASP（Graphical Representation and Analysis of Structural Properties）

这个是最经典的方法之一。相关信息参见：http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Software:GRASP

有linux和windows的版本。

2：Pymol

Pymol里面有两种方法，一是(molecule)->A(ctions)->generate->vacuum electrostatics->protein contact potential (local)
这种方法很快很方便，不过并不精确。关于这一点Pymol有一个免责声明。

二是用APBS插件来计算。Plugin->APBS tools (Adpative Poisson-Boltzmann Solver)
Click "Set grid", then "Run APBS". Finally, click on the Visualization tool, update, and click on Show Molecular Surface. You may want to select “Solvent accessible surface” and “color by potential on sol. acc. surf.” and increase the color ramp range by adjusting the high and low setpoints.
APBS采用更严格的计算，不过如果PDB中有非标准或缺失的残基就会出问题，这时必须编辑PDB文件。

《Nature》网站的科技英语教学

http://www.nature.com/scitable/ebooks/english-communication-for-scientists-14053993

非常棒！

蛋白质结构的经典书籍

《The Anatomy and Taxonomy of Protein Structure》

Duke大学Jane S. Richardson教授的经典之作，虽然写于1981年，但是一直更新到2007年，内容丰富。免费在线阅读和下载，真是很棒！

http://kinemage.biochem.duke.edu/teaching/anatax/index.html

获得一套完整的衍射数据至少需要多大的晶体？

《Acta Crystallographica Section D》上的一篇文章讨论了这个问题：The minimum crystal size needed for a complete diffraction data set（http://journals.iucr.org/d/issues/2010/04/00/ba5148/ba5148.pdf）

对于溶菌酶来说这个尺寸是直径1.2um，不过1um一下的晶体即使不能收到一套完整数据也可以通过收多套数据等其它策略解决问题。当然这个尺寸问题还取决于不同晶体的性质。

关于氢键

发现这个链接不错：

http://www.worldlingo.com/ma/enwiki/en/Hydrogen_bond/1

Refmac中weighting term值的设置

在refmac5中weighting term值默认设置(Automatic weighting)为0.3，根据经验，通常这个值适用于2埃分辨率的情况，如果晶体衍射分辨率不高，则应将此值降低：如2.5埃时设为0.05，再差的可设到0.01（ high Rmerge, high mosaicity, low resolution）。分辨率高时则相应设高，如1.5埃可设为0.5-0.7，1埃可设为20。

可以根据结果来调整，通常，rmsd在0.015-0.02之间，angle在0.15左右。如rmsd高了，则降低weighting值

2010年NAR的特刊

年初的事了，包括两期：

1、web server特刊：http://nar.oxfordjournals.org/content/vol38/suppl_2/index.dtl

2、database特刊：http://nar.oxfordjournals.org/content/vol38/suppl_1/index.dtl

2009年影响因子

这是2009年的SCI，今年6月18日发布的。重新整理过，按照字母分列了，查找起来比较方便。放在“我的文件夹”的“电子书”目录下了

原始的文件来自网上，也是唯一可以找到的Excel形式的版本，有点小缺陷，虽然总杂志数是对的，但有一些杂志重复了，不知什么原因，我也没时间自己去整理了，反正影响不大，就这样吧。

资源最丰富的蛋白质晶体学网站

http://www.pxuniverse.com/index.html

Rigaku公司办的一个网站，堪称蛋白质晶体学资源大全了！看起来似乎是2009年9月刚开的，网站的声明非常好 “Since we are in the business of providing
instrumentation to this market, we have intentionally left out any references to hardware.  Instead it is our goal to provide the scientists engaged in the field of protein
crystallography a tool for easily navigating between the various resources that are available via the Internet.” 不谈论别的公司产品很好理解，自己也不做广告，这种精神真不错！

写文章

争取这个月底前把文章投出去，前天晚上开始看杂志投稿要求，今天基本上把实验方法部分写好，明天开始写结果（这部分应该也会比较快些，希望3天能写好），然后是最复杂的讨论（这部分给一周？），接着是综述（3-4天）、摘要。其中一个实验还要重新做一下（2-3天），还有作图、修改需要不少的时间，看起来时间还是很紧张啊！

查阅资料时产生一些做网站的想法，希望能做成一个对中国的研究人员有所帮助的网站，首先从蛋白质晶体学、分子生物学开始，如果可能，再找一些志愿者加盟，把它做大、做广。经过这些年写博客的经验，我知道，我所希望学习的常常也是很多人希望学习的，而我经过摸索、整理获得的知识和经验写出来以后可以帮助很多和我一样的人，让他们在搜索引擎上能够找到自己需要的答案而不是一堆没有用的东西。

关于Mosaicity（镶嵌度）

小小更新一下

很久没有更新了，看到上一篇博文还是2007年的影响因子，实在是不好意思，就上传一下2008年的影响因子作为更新吧，放在同一个文件夹下面了。