shininglake的快乐生活

大肠杆菌

2008-09-19T13:37:00Z

今天才发现原来有一个很基本的问题一直搞错了：一直以为我们常用的克隆表达的菌株都是K12系列，今天才发现原来常用的克隆菌株JM109、DH5α、XL1是K12系列的，而表达菌株BL21是B系列的。查询一下密码子数据库发现两者在密码子使用偏好上略有不同。不过，K12和B系列是如何划分的还没有看到详细的资料。搜索这个问题的时候看到这张常用菌株的基因型的表格，顺便贴一下（转自长沙瑞金生物网) Strain Genotype BB4 supF 58, supE 44, hsdR 514, galK 2, galT 22 , trpR 55, metB 1, tonA , Δ lacU 169/F' [ proAB + , lac I q , lacZ ΔM15 Tn 10 ( tet r ) ] BL21(DE3) F - , ompT , hsdS B (r B - m B - ) , gal (λ c I 857, ind 1, Sam 7, nin 5, lac UV5-T7 gene 1) , dcm (DE3) （B株来源...(read more)

如何避免审稿人的大斧-----Stephen D. Senturia（转）

2008-09-04T01:52:00Z

编辑注：Stephen D. Senturia从1992年IEEE/ASME J MEMS（2002年影响因子2.8，译者注）创刊以来就一直是该杂志的编委会成员，并在1998年被提名为高级编辑。这些连同他1985年－1995年作为IEEE T Electron Dev（2002年影响因子1.9，译者注）Solid-State Sensors的编辑的经验，作者已经累计具有17年作为IEEE杂志编辑的经验。这些年里，Steve（作者名字的简称，译者注）总结了论文作者们给审稿人带来的大量的问题，因此我们邀请他撰写了下面的这篇“给作者的建议”，告诉大家如何使审稿人满意，并且让他们“没有别的选择”，只能同意论文发表。一、序言由于这是我个人的评论，因此在后面的叙述中我将使用第一人称，不过严格一些的作者不会在科技文献中使用第一人称。在我35年研究工作的生涯中，我撰写了很多科技论文，每次当我打开从杂志编辑部寄来的装有我宝贝一样的手稿的信的时候，我总是迫不及待地拆开信封，结果是或者做一些小的修改，或者大幅度重写，甚至是判处死刑----只能把手稿扔进垃圾桶...(read more)

用电驴emule搜到一本好书

2008-08-07T00:45:00Z

以前一直用emule下电影、英语资料什么的，没想到昨天用它搜到几本好书。其中一本《Protein Structure Determination, Analysis, and Applications》非常好，2003年的书，书中介绍了结构基因组的研究方法、膜蛋白的结晶方法、蛋白质结构分析方法以及基于结构的药物设计，可惜当时做结构基因组的时候没有看到这本书，当然了，现在看看也还是非常好的。...(read more)

一个非常棒的生物学实验视频网站

2008-07-22T15:01:00Z

听说过JoVE吗？ Journal of Visualized Experiments 这里不仅可以看到基本的生物学实验操作，比如细胞计数、PAGE电泳、蛋白胶染色、质粒转化，更多的是那些最新的实验技术，涉及神经生物学、细胞生物学、免疫学等。网站的宗旨是以可视化的方式弥补传统纸质文献的不足，将生物学领域最新的实验方法传播给生物学研究者和大众。网速快、画面清晰，看起来很舒服。学习的同时又练习听力，真的很棒！地址： http://www.jove.com...(read more)

很高兴我又回来了！

2008-07-06T13:27:00Z

很久没有更新博客了，开始是有一阵子比较忙，后来是发现自己不能登录了！今天忽然发现网站的页面有变化，于是试着找回自己的密码，终于又可以登录了，而且在功能上又有所增强。虽然现在很忙，但有时候还是有一些想法想写出来，和大家分享、讨论。毕竟写在BBS上很快就消失了，而在这里就可以分享给更多的人。...(read more)

才发现AKTA有中文说明书

2007-10-24T06:05:00Z

很久没去Amersham的论坛，今天去发现原来这里早就有了AKTA系统的中文说明书，比起英文版毕竟方便了很多，可以放在那里让大家多翻翻了，原来的的英文说明书除了我这个管系统的，似乎没有其他学生完整地翻过…… 地址： http://www.ebiotrade.com/amershambbs/viewforum.php?f=14&sid=6304380018491173bb9aaedfd0cb85dc...(read more)

贴一个Endnote X1版的下载地址

2007-10-22T07:48:00Z

http://gfsmithlib1.umdnj.edu/endnotex/endnotex1.zip...(read more)

预测未知蛋白的功能

2007-08-20T07:18:00Z

通过Docking的方法预测结构已知而底物未知的酶的底物，这不是什么新方法，不过，在这里作者在做Docking时采用的是候选底物的高能中间态形式（ high-energy intermediate forms ），这也许就是文章可以发在《Nature》上面的原因。按照序列比对预测的底物被实验否定。按照新方法预测的结果被实验证实，并且进一步得到“酶－产物”复合物结构。 Structure-based activity prediction for an enzyme of unknown function pp775 - 779 A computational approach is used to predict the function of an uncharacterized enzyme by docking high-energy intermediate forms of candidate metabolites into its purported binding site. The docking experiments predicted that the enzyme...(read more)

人类基因功能手册

2007-08-13T04:59:00Z

挺不错，需要的时候可以查查。特别感谢作者的共享精神！

张闻. 人类基因功能手册. 免费电子版 2006
本书下载地址：http://zwbi.zoomshare.com/ （张闻的个人网站）

2007年最新公布SCI影响因子

2007-06-29T01:35:00Z

2007年最新公布的SCI影响因子放在我的个人文件的“电子书”里了，大家赶紧下载去吧！

一个非常好用的数码照片编辑工具

2007-06-04T13:56:00Z

用PS来编辑数码照片？相信对于大多数人来说，这还是一个难度很大的工作。能用它来剪裁剪裁、打上几个字、调调对比度、亮度，改变一下图像大小就不错了；再好一点的，会去掉脸上几个斑，抹去几根乱发而看不出来也就差不多了，再高级的，蒙板？图层？滤镜？用的好的就很少了。磨皮？LOMO风格？这些组合运用才能达到的效果就更别想了……

不过，呵呵，今天我发现了一款很好的软件，编辑数码照片非常方便，傻瓜式的操作，得到的确是专业摄影师的效果，今后用它把照片处理完再贴到网上，呵呵，大家一定对你刮目相看！（实在是很喜欢这个工具，忍不住写了一大段广告语，哈哈）

不说闲话了，这个软件名叫nEO iMAGING〖光影魔术手〗大家去http://www.neoimaging.cn/index1.htm看看介绍吧，另，绿色软件下载地址：http://green.crsky.com/default.html中搜索nEO iMAGING。

写好英语科技论文的诀窍

2007-06-03T05:28:00Z

这是科大校友周耀旗的文章，非常棒，推荐给大家。文章下载地址见最后的链接，同时放在我的“个人文件”的“电子书”里了。

写好英语科技论文的诀窍：
主动迎合读者期望，预先回答专家可能质疑

周耀旗
印地安那大学信息学院
印地安那大学医学院计算生物学和生物信息中心

以此文献给母校中国科技大学五十周年校庆

前言
我的第一篇英语科技论文写作是把在科大的学士毕业论文翻译成英文。当我一九九零年从纽约州立大学博士毕业时，发表了20多篇英语论文。但是，我对怎样写高质量科技论文的理解仍旧处于初级阶段，仅知道尽量减少语法错误。之所以如此，是因为大多数时间我都欣然接受我的博士指导老师Dr. George Stell和Dr. Harold Friedman的修改，而不知道为什么要那样改，也没有主动去问。这种情况一直持续到我去北卡州立大学做博士后。我的博士后指导老师Dr. Carol Hall建议我到邻近的杜克大学去参加一个为期两天的写作短训班。这堂由Gopen教授主办的短训班真使我茅塞顿开。第一次，我知道了读者在阅读中有他们的期望，要想写好科技论文，最有效的方法是要迎合他们的期望。这堂写作课帮我成功地完成了我的第一个博士后基金申请，有机会进入哈佛大学Dr. Martin Karplus组。在哈佛大学的五年期间，在Karplus教授的指导下，我认识到一篇好的论文需要从深度广度进行里里外外自我审查。目前，我自己当了教授，有了自己的科研组，也常常审稿。我觉得有必要让我的博士生和博士后学好写作。我不认为我自己是写作专家。我的论文也常常因为这样或那样的原因被退稿。但是我认为和大家共享我对写作的理解和我写作的经验教训，也许大家会少走一些我走过的弯路。由于多年未用中文写作，请大家多多指正。来信请寄：
yqzhou@iupui.edu。欢迎访问我的网站：http://sparks.informatics.iupui.edu。

论文下载：http://csbl.bmb.uga.edu/~ffzhou/how-to-write.pdf

再谈全基因合成

2007-05-18T23:50:00Z

理论终于上升到实践，呵呵，用两步法PCR合成400bp的基因成功！

采用前面文献介绍的两步法思路，做了一些改动（简化），去除了回收和T7核酸内切酶I酶切步骤。

测序100％正确，真是让人开心！这个实验中的小插曲让我对PCR反应和Pfu酶又有了新的认识（这个暂时保密，呵呵）。

In-Fusion技术

2007-05-09T08:21:00Z

只要PCR产物和载体的末端有15个相同的碱基就可以利用In-Fusion酶在30min内连接起来。

打算好好考虑一下它的应用，不仅仅是方便。

还是详细介绍一下：

如图所示，In－Fusion技术已经开发出2.0版试剂盒，只要PCR产物和线性载体的末端有15个相同的碱基，这时不需要纯化PCR产物，也不用双酶切，只要将两者混合，加入Cloning Enhancer试剂和In－Fusion酶，30分钟就可以连接成功。

2.0版的试剂盒的效率是老产品的5倍，可以连接<500bp直至12kb的片段。

以上译自Clontech的网站：http://www.clontech.com/products/detail.asp?tabno=2&product_id=162275

个人以为除了它连接速度快、简便以外，有以下优势：

1. 当目的片段中带有酶切位点时，无法用双酶切的方法克隆，用这个方法是最佳选择。

2. 不像TOPO方法需要引入一段多余的序列，这个方法产生的产物很干净。

3. 一些短片段PCR回收困难，这个方法也许更好（这点只是我猜想，不知道是不是如此）。

SCI论文全攻略

2007-04-10T08:28:00Z

从网上找来的，看来很多地方都转了，很奇怪没有作者的名字，不过写得相当好。

放在我的“个人文件”的电子书目录了